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如果你在民政局注册了的,就只是房屋修建按合同交印花税/采购药品按合同交印花税及代扣职工个人所得税(因为非营利性医疗机构不交增值税、所得税)
1)医疗机构分为"非营利性医疗机构"和"营利性医疗机构".这是医疗机构在办理执业登记时,书面向卫生行政主管部门申明其性质,按《医疗机构管理条例》进行设置审批和登记注册,并由接受登记注册的卫生行政部门核定的.)根据财税〔2000〕第42号《财政部、税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》第二条规定:对营利性医疗机构取得的各项收入,按规定征收各项税收.但为了支持营利性医疗机构的发展,对营利性医疗机构取得的收入,直接用于改善医疗卫生服务条件的,自其取得执业登记之日起,3年内给予下列优惠;对其取得的医疗服务收入免征营业税;对其自产自用的制剂免征增值税;对其自用的房产、土地、车船,免征房产税、土地使用税和车船使用税.3年免税期满后恢复征税.所以,对你的营利性医疗机构来说,取得执业登记造已超过3年,故应按规定缴纳各项税收.
非盈利性医疗机构的优惠政策
(1)对非营利性医疗机构按照规定的价格取得的医疗服务收入,免征各项税收.不按照规定价格取得的医疗服务收入不得享受这项政策.医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保健、接生、计划生育方面的服务,以及与这些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务(下同).
(2)对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入,如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收.非营利性医疗机构将取得的非医疗服务收入,直接用于改善医疗卫生服务条件的部分,经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额,就其余额征收企业所得税.
(3)对非营利性医疗机构自产自用的制剂,免征增值税.
(4)非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业,应按规定征收各项税收.
(5)对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船,免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税."

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